囊肿的主要危害是压迫肾脏而损害肾功能。所以一般小于4厘米的肾囊肿不需要处理，定期复查即可。较大囊肿需要临床治疗，如果是肾盂旁囊肿则大小不受4厘米的限制。

大多数学者认为单纯性肾囊肿，如囊肿直径大于4厘米，有腰痛、血尿、反复感染、肾实质或肾盂、肾盏明显压迫，以及高血压、囊肿压迫输尿管，导致梗阻及疑有恶变等，均是治疗指征。

肾囊肿治疗方法主要有三种。B超监视引导下肾囊肿穿刺抽液+注射无水酒精或其他硬化剂，但硬化剂有外溢和可能被吸收等危险，因而会对肾脏产生损害或引起严重的并发症。