目前新冠肺炎疫情的全球蔓延形势更加的严峻，福建作为临海城市，自疫情爆发以后也是接收了不少的国际航班，确诊了不少的境外输入病例，对此福建的晋江国际机场宣布将全面停飞所有的国际航班。
受新冠肺炎疫情影响，3月25日起，福建泉州晋江国际机场已开通的17条国际(地区)航线全线停航，后续航线运营视情况再定。
此前，泉州晋江国际机场已经取消了部分国际(地区)航线，只保留了泉州飞往香港、澳门、马尼拉的三条国际(地区)往返航线。
疫情防控近段时间，泉州晋江国际机场根据海关测温、流行病学调查工作需要，设置了专门的检查工作室，让身体异常旅客第一时间隔离检查;航班抵达后，安排最近机位廊桥方便旅客下机，以10名旅客为一组便于旅客分散填报健康申报，减少人员聚集;同时配备外语专业人员，现场与旅客沟通。
据福建省卫生健康委员会通报，3月24日0—24时，福建省报告新增境外输入新冠肺炎确诊病例4例，均为泉州市报告的菲律宾输入病例。
截至3月24日24时，泉州累计报告境外输入新冠肺炎确诊病例12例，均为菲律宾输入;现有报告境外输入新冠肺炎疑似病例6例，其中，菲律宾5例，英国1例。
福建执飞航班3月9日至23日，直达福州长乐国际机场的境外旅客总计3807人，具体是美国纽约6个班次1422人、日本东京5个班次348人、新加坡樟宜4个班次247人、马来西亚吉隆坡7个班次691人、泰国曼谷8个班次607人、柬埔寨金边和西哈努克港8个班次492人;到达泉州晋江国际机场的境外航班共计1997人，具体是菲律宾马尼拉11班次1687人、中国香港和澳门4班次310人。
3月20日起，根据国家有关要求，境外直达北京航班陆续分流到12个机场。旅客在第一入境点实施检验检疫并办理入境手续和行李清关，符合条件的旅客搭乘原航班入京。部分旅客可能在第一入境点就地转机入闽。民航福建监管局提醒广大旅客在旅途中做好个人防护，全程佩戴口罩，如实填报健康信息，听从民航现场工作人员引导。
